El Centro está agrupado para su trabajo en cuatro Unidades Académicas Básicas (UAB), que son entidades académicas y se estructuran en función de un objetivo general de conocimiento, y se conforman por profesores e investigadores de planta. Para el Centro, las UAB tienen también como responsabilidad acompañar a los coordinadores PAP. En cada UAB se anclan también programas y proyectos institucionales e interdepartamentales que focalizan apuestas de incidencia social del ITESO. Los programas PAP y los programas institucionales se entrelazan de muy varias maneras como espacios de formación, investigación y vinculación. Las UAB se integran por un equipo base del personal adscrito al Centro y se abren a la colaboración con otras dependencias. Su tarea fundamental en el Centro es la de definir las líneas de trabajo, así como impulsar la construcción de los nodos articuladores.